A CEU doktori programjai teljesen finanszírozott, 4 éves normál időtartamú tanulmányi programok, amelyek amerikai és osztrák diplomát adnak. A PhD programnak nincs külön szociológiai és antropológiai pályája – mindkét tudományág integrált. A hallgatókat arra ösztönzik, hogy empirikus kutatást végezzenek sokféle módszertan felhasználásával, azonban az elméletileg megalapozott megközelítések, amelyek széles intellektuális napirendet foglalnak magukba, prioritást élveznek.